Во время Великой Отечественной войны железнодорожный транспорт вынес на своих плечах основную нагрузку по обеспечению тыла и фронта всем необходимым. За успешную работу по подготовке кадров в сентябре 1945 г. ЛИИЖТ был удостоен высшей награды Родины — ордена Ленина. Выпускники, сотрудники и студенты Института участвовали в боевых действиях, строили оборонительные сооружения для защиты города.
В сентябре 1941 г. в ЛИИЖТе была создана комиссия для рассмотрения оборонных предложений и изобретений во главе с профессором Д. Д. Бизюкиным (выпускник ПИИПС 1913 г.)
Ученые ЛИИЖТа приняли активное участие в проектировании легендарной Дороги жизни через Ладожское озеро. Ученые факультета электрификации железных дорог выполнили проект и монтаж передвижного энергопоезда, сыгравшего важную роль в строительстве свайно-ледовой эстакады через Невскую губу Ладожского озера. В январе 1943 г. была прорвана блокада Ленинграда и по узкому коридору южнее Ладожского озера была срочно проложена новая железнодорожная линия.
Б.К. Саламбеков, выпускник Университета, лично организовал по ней движение поездов, не имеющее примеров в мировой истории. На протяжении почти 20 км пути шли по болотам параллельно линии фронта в пределах досягаемости полевой артиллерии врага.