Минтранс был основан в 1809 году благодаря манифесту императора Александра I. Приказ российского императора вышел 20 ноября по старому и 2 декабря 1809 года по новому стилю. Ведомство тогда носило название — Управление водяных и сухопутных коммуникаций. Тогда же было открыто и первое транспортное учебное заведение — корпус инженеров путей сообщения. Сейчас это Петербургский университет путей сообщения императора Александра Первого.
С конца XVIII века строительством и эксплуатацией путей сообщения России занимались: Департамент водных коммуникаций и Экспедиция устроения дорог в государстве.
В 1801-1809 гг. оба ведомства (аналог Минтранс) возглавлял граф Николай Петрович Румянцев — видный государственный деятель, дипломат, член ГосСовета, сенатор. В 1809 г. он представил «Предложения о надежных мерах для учреждения сообщений на суше, а также на воде».
В этом документе предлагалась новая структура управления всеми путями сообщения России и высказывалась мысль учреждения в государстве высшего технического института для подготовки инженеров, способных возглавить строительство дорог и мостов, речных и морских портов, а также транспортных сооружений.